全自动软水器实行自动控制，运行操作方便，比传统的手动软水器更受青睐。
然而，全自动软水器中的离子交换树脂也会受污染，究其原因，大体上有如下几种：
有机物污染
有机物是污染离子交换树脂，特别是强碱性阴树脂的主要杂质。有机物分子量一般都较大，特别是腐殖质酸，它对树脂的污染主要有两种形式。一是有机物的羧基与树脂活性基团的结合;二是有机物依靠分子与分子间的引力，吸附在离子交换树脂上。有机物对树脂的污染，会降低其对离子的交换能力。
油类污染
油类杂质能堵塞离子交换树脂的微孔，使这些微孔中的活性基团不能进行离子交换，从而降低了树脂的工作交换容量。油质的来源，多半是由于操作不慎或设备有漏油而造成的。
悬浮物污染
水中悬浮物微粒会包围在离子交换树脂的颗粒表面，从而隔绝了树脂的离子交换过程，使树脂受到污染。这种污染以阳床树脂最为严重。
高价金属离子产生的污染
高价金属离子会由于混凝处理操作不当或设备腐蚀，而随入床水进入交换床。由于这些高价金属离子与树脂间有较高的交换能力，因而被牢固地吸附在离子交换树脂上，并不易被再生“洗脱”下来，因而使树脂失去交换作用。这种高价金属离子对交换树脂的污染，有些称这种现象为“重金属中毒”。